11月21日，我國迄今水下考古發(fā)現(xiàn)體量最大的木質(zhì)沉船——“長江口二號(hào)”古船成功實(shí)施整體打撈，其保存完整、船載文物豐富，可以稱之為近代上海的“時(shí)空寶盒”。
在“長江口二號(hào)”古船出水之前，復(fù)旦大學(xué)副教授文少卿負(fù)責(zé)的生物考古團(tuán)隊(duì)，已參與“長江口二號(hào)”古船考古工作數(shù)月，這是國內(nèi)首次將分子水平的生物基因研究技術(shù)應(yīng)用于水下考古領(lǐng)域。文教授團(tuán)隊(duì)對(duì)船中出水瓷瓶中的稻殼進(jìn)行碳十四測(cè)年和古植物DNA研究，其中就運(yùn)用到了華大智造MGISEQ-2000高通量基因測(cè)序平臺(tái)。
小小的稻殼從哪里來？可以講述多少塵封百年的沉船秘密？這就不得不提到半年前的一批出水文物，其中包括一只底款為“同治年制”篆書的大型青花雙耳瓶。
文少卿副教授領(lǐng)銜的生物考古團(tuán)隊(duì)在雙耳瓶對(duì)淤泥進(jìn)行取樣時(shí)，發(fā)現(xiàn)瓶內(nèi)50只小瓷杯之間墊有用于防震的大量稻殼。與此同時(shí)，考古團(tuán)隊(duì)也獲取到古船上其他的稻殼樣本。通過運(yùn)用MGISEQ-2000高通量基因測(cè)序平臺(tái)等儀器設(shè)備對(duì)稻殼樣本進(jìn)行檢測(cè)，考古人員不僅可以根據(jù)稻殼的DNA比對(duì)結(jié)果大致推測(cè)其產(chǎn)地，結(jié)合瓷器的窯口，推測(cè)長江口二號(hào)的上貨港口；并且可根據(jù)碳十四測(cè)年判斷稻殼的大致“年齡”，來大致推測(cè)長江口二號(hào)古船的年代。稻殼檢測(cè)結(jié)果與瓷器底款互相印證，進(jìn)一步確定了長江口二號(hào)古船是在清同治年間運(yùn)行的，已經(jīng)在水下塵封超過150年。
考古人員運(yùn)用MGISEQ-2000高通量基因測(cè)序平臺(tái)對(duì)微生物樣本進(jìn)行檢測(cè)一顆稻殼能夠以小見大反映古船的歷史，通過分子水平的生物基因研究技術(shù)的探索，瓶中的泥沙也是蘊(yùn)藏著成千上萬種微生物的“小世界”。基于華大智造MGISEQ-2000等儀器設(shè)備，考古團(tuán)隊(duì)從瓶中的淤泥中提取出微生物的3900多條DNA信息，并和全球DNA數(shù)據(jù)庫里的微生物進(jìn)行比對(duì)，成功總結(jié)出古船的沉積過程和長江口水環(huán)境的變遷。
10月3日，備受矚目的2022年諾貝爾生理學(xué)獎(jiǎng)公布得獎(jiǎng)人是瑞典遺傳學(xué)家Svante P??bo，這被稱為迄今為止距離基因組學(xué)及高通量基因測(cè)序最近的諾獎(jiǎng)。P??bo建立了一個(gè)全新的科學(xué)學(xué)科古基因組學(xué)，完成了看似不可能的事情：采用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)當(dāng)今人類已滅絕的近親——尼安德特人的基因組進(jìn)行測(cè)序。高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)促進(jìn)了基因組學(xué)的快速發(fā)展，古基因組學(xué)也因此開始成為考古學(xué)、遺傳學(xué)研究中的大熱門。目前，基于不同策略開發(fā)的各種高通量測(cè)序平臺(tái)已在古DNA樣本分析中廣泛應(yīng)用。
2021年，復(fù)旦大學(xué)文少卿團(tuán)隊(duì)聯(lián)合廈門大學(xué)王傳超團(tuán)隊(duì)，首次評(píng)估使用華大智造MGISEQ-2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行古基因組學(xué)研究的潛力，并發(fā)表在Frontiers in genetics雜志上。該研究從測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量、文庫復(fù)雜度、基因組覆蓋均一性和種群遺傳分析四個(gè)維度出發(fā)，對(duì)MGISEQ-2000在古基因組學(xué)中的綜合性能進(jìn)行評(píng)估，結(jié)果顯示MGISEQ-2000在內(nèi)源率和文庫復(fù)雜度方面表現(xiàn)優(yōu)異，在其他重要關(guān)鍵參數(shù)上媲美古基因組學(xué)研究中常用的高通量測(cè)序平臺(tái)，可作為大多數(shù)古基因組學(xué)研究的潛在選擇。
華大智造始終致力于成為“生命科技核心工具締造者”，華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)等生命科技核心設(shè)備將持續(xù)賦能生物考古學(xué)、分子考古學(xué)等古基因組學(xué)研究領(lǐng)域，助力用戶和合作伙伴產(chǎn)出更多研究成果，為重現(xiàn)人類生動(dòng)歷史、呈現(xiàn)群體精彩故事貢獻(xiàn)力量。
資料來源：央視新聞、新華每日電訊、新華視點(diǎn)、 澎湃新聞、測(cè)序中國等。
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