2024年6月5日至7日，亞洲動(dòng)植物基因組學(xué)大會(huì) PAG Asia 2024在深圳大梅沙召開(kāi)，本次大會(huì)專(zhuān)家云集，華大智造以 "What if genome sequencing technologies become a revolution in the field of agriculture？"為參會(huì)主題亮相現(xiàn)場(chǎng)，正式推出大規(guī)模農(nóng)業(yè)基因組學(xué)Low-pass WGS全流程產(chǎn)品。
大規(guī)模農(nóng)業(yè)基因組學(xué)Low-pass WGS全流程產(chǎn)品是一套專(zhuān)為農(nóng)業(yè)科研和育種應(yīng)用而開(kāi)發(fā)的全流程組合產(chǎn)品，包括硬件、軟件和試劑，涵蓋“核酸提取-建庫(kù)-測(cè)序-生信分析”流程，配備靈活組合的自動(dòng)化方案，可滿足不同的通量需求。通過(guò)全新的板式建庫(kù)試劑盒搭配Low-pass WGS技術(shù)，以高通量、低成本、靈活快捷、自動(dòng)化友好為特點(diǎn)，能夠?qū)崿F(xiàn)畜禽基因組的大規(guī)模測(cè)序與高效分析，為畜禽遺傳改良和分子育種提供了強(qiáng)有力的工具支撐。
相較于傳統(tǒng)芯片分型，這款組合產(chǎn)品無(wú)需提前篩選育種相關(guān)信息位點(diǎn)、無(wú)需定制個(gè)性化芯片、無(wú)需最低訂購(gòu)量，以幾乎相同的成本即可獲得接近全基因組范疇位點(diǎn)數(shù)據(jù)，助力育種計(jì)算模型的升級(jí)迭代，大幅提升育種值測(cè)算準(zhǔn)確率。同時(shí)，用戶可選擇非標(biāo)定制方案，廣大農(nóng)業(yè)基因組學(xué)專(zhuān)家對(duì)不同物種、不同通量、不同交付時(shí)效的需求，都可以通過(guò)這套組合產(chǎn)品的靈活方案來(lái)完成。
當(dāng)前，華大智造推出的農(nóng)業(yè)基因組學(xué)大規(guī)模Low-pass WGS全流程組合產(chǎn)品包括標(biāo)準(zhǔn)版和基礎(chǔ)版兩個(gè)版本，其中標(biāo)準(zhǔn)版基于高通量基因測(cè)序儀DNBSEQ-T7（年樣本量在100k-1000k），基礎(chǔ)版基于中高通量基因測(cè)序儀MGISEQ-2000（年樣本量10K-50K)。
基于MGISEQ-2000打造的中通量全流程方案 (192樣本/天)，均一化和制備DNB共用同一臺(tái)MGISP-100
基于DNBSEQ-T7打造的高通量全流程方案 (1536樣本/天)
高通量Low-pass WGS全流程組合產(chǎn)品
有哪些“秘密武器”？
01無(wú)需純化，建庫(kù)僅需3步
傳統(tǒng)的PCR-FREE建庫(kù)過(guò)程需要經(jīng)歷打斷、純化、連接反應(yīng)、純化、定量、均一化/pooling過(guò)程。華大智造在這套全流程組合產(chǎn)品中全新推出的MGIEasy Large-scale PCR-FREE 全基因組低深度文庫(kù)制備模塊（板式）試劑盒專(zhuān)為L(zhǎng)ow-pass WGS應(yīng)用而設(shè)計(jì), 僅需三步（打斷、連接反應(yīng)、等體積pooling），即可實(shí)現(xiàn)無(wú)純化建庫(kù)過(guò)程，大大縮短大規(guī)模建庫(kù)中所需的時(shí)間。
02全流程高度自動(dòng)化
華大智造自研的實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化平臺(tái)，Low-pass WGS組合產(chǎn)品突破了大規(guī)模建庫(kù)通量的限制，能夠以最少的自動(dòng)化設(shè)備靈活匹配超高通量的實(shí)驗(yàn)室需求，從而在短時(shí)間內(nèi)低成本、高度自動(dòng)化地完成大規(guī)模提取、建庫(kù)、均一化和Pooling，最多只需要5臺(tái)自動(dòng)化設(shè)備就能滿足DNBSEQ-T7的滿通量運(yùn)行的需求。
03通量靈活，效率領(lǐng)先
該組合產(chǎn)品基于DNBSEQ-T7標(biāo)準(zhǔn)版方案，日通量可達(dá)1536個(gè)樣本，周通量7680個(gè)樣本，年通量可達(dá)38.4萬(wàn)個(gè)樣本；基于MGISEQ-2000中通量方案日通量可達(dá)192個(gè)樣本，周通量480個(gè)樣本，年通量為2.4萬(wàn)個(gè)樣本（以豬的1x測(cè)序深度為例，單個(gè)樣本數(shù)據(jù)量為3G，以一周6天，每年50周計(jì)算）。
04簡(jiǎn)易操作，極速享受
組合方案中使用華大智造自主研發(fā)的生物信息分析加速器和自研Low-pass WGS分析加速軟件，其中MegaBOLT可以處理192 個(gè)樣本/24 h，ZBOLT Pro可以處理1536 個(gè)樣本/24 h，其SNP位點(diǎn)信息與微陣列/50x WGS分析結(jié)果的一致性高達(dá)98%（以豬的1x測(cè)序深度為例）。
目前，華大智造推出的農(nóng)業(yè)大規(guī)模Low-pass WGS全流程產(chǎn)品已提供部分物種的參考基因組集合，用戶無(wú)需自行構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)即可進(jìn)行豬的基因分型, 還可為已擁有豬參考基因組集合的用戶提供免費(fèi)格式轉(zhuǎn)換服務(wù)。
組學(xué)專(zhuān)家齊聚，共話學(xué)術(shù)前沿
在6月6日和7日的兩場(chǎng)專(zhuān)業(yè)論壇上，來(lái)自產(chǎn)業(yè)界的組學(xué)服務(wù)商代表和學(xué)術(shù)界的組學(xué)專(zhuān)家對(duì)業(yè)內(nèi)組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用展開(kāi)了充分的探討。
博瑞迪應(yīng)用科學(xué)家周靖航博士、華智生物分子育種技術(shù)智創(chuàng)中心總監(jiān)唐順學(xué)博士強(qiáng)調(diào)了DNBSEQ平臺(tái)在基因組學(xué)研究和農(nóng)業(yè)育種中的重要作用。周靖航博士分享了GBTS技術(shù)與DNBSEQ平臺(tái)結(jié)合在基因分型方面的卓越性能，在動(dòng)植物品種鑒定、功能基因檢測(cè)、全基因組選擇等應(yīng)用方向上具有出色表現(xiàn)。唐順學(xué)博士則強(qiáng)調(diào)了DNBSEQ平臺(tái)在推動(dòng)生物技術(shù)(BT)、數(shù)據(jù)技術(shù)(DT)和人工智能(AI)方向融合驅(qū)動(dòng)育種工作中的關(guān)鍵作用，可為智能和精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)育種提供強(qiáng)有力的支持。
來(lái)自中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)的胡曉湘教授，聯(lián)邦水產(chǎn)與漁業(yè)研究所的Mugue教授以及西北農(nóng)林科技大學(xué)的姜雨教授、澳大利亞阿德萊德大學(xué)Lloyd Low等人共同強(qiáng)調(diào)了 DNBSEQ 平臺(tái)在動(dòng)物育種領(lǐng)域的應(yīng)用。胡曉湘教授突出了大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)在豬和其他畜禽基因組選擇中的重要作用，指出了其在加速優(yōu)良遺傳特性識(shí)別和推動(dòng)產(chǎn)業(yè)可持續(xù)發(fā)展方面的貢獻(xiàn)。
Mugue 教授強(qiáng)調(diào)了DNBSEQ平臺(tái)在虹鱒和三文魚(yú)基因組研究中的重要作用，對(duì)這些魚(yú)類(lèi)基因組的深入研究，可以使科學(xué)家們能夠識(shí)別出與生長(zhǎng)速度、抗病性和適應(yīng)性等重要經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的基因標(biāo)記，進(jìn)而指導(dǎo)育種計(jì)劃，提高養(yǎng)殖效率和產(chǎn)品質(zhì)量；姜雨教授表示基于機(jī)器學(xué)習(xí)算法的荷斯坦牛繁殖性狀基因組選擇方法搭配DNBSEQ平臺(tái)，能夠深入挖掘大規(guī)模測(cè)序數(shù)據(jù)下的基因與性狀的復(fù)雜關(guān)聯(lián)，為精準(zhǔn)預(yù)測(cè)基因組估計(jì)育種值（GEBV）提供新的途徑。Lloyd Low展示了low-pass WGS以及TCS 70K panel 搭配DNBSEQ平臺(tái)對(duì)牛基因組進(jìn)行分析的成功案例，并表示有望拓展到其他更多物種。
針對(duì)本次重磅推出的農(nóng)業(yè)基因組學(xué) Low-pass WGS 全流程組合產(chǎn)品，胡曉湘教授表示，“所測(cè)即所得，所得即所用，華大智造測(cè)序平臺(tái)和 Low-pass WGS 應(yīng)用結(jié)合，將助力農(nóng)業(yè)動(dòng)物育種大模型，提升育種效率?！?
此外，與會(huì)專(zhuān)家指出：“利用DNBSEQ平臺(tái)進(jìn)行全基因組測(cè)序，我們成功識(shí)別了影響肉雞母系生產(chǎn)性能的關(guān)鍵SNP位點(diǎn)。這一發(fā)現(xiàn)不僅優(yōu)化了基因組選擇和全基因組關(guān)聯(lián)分析的策略，而且，隨著DNBSEQ-T7測(cè)序儀的引入，大規(guī)?；蚪M學(xué)研究的成本也得到了有效降低。”
華大智造產(chǎn)品市場(chǎng)中心胡豆博士參加工業(yè)論壇
參會(huì)人員合影
結(jié)語(yǔ)
PAG Asia 2024作為一場(chǎng)專(zhuān)注于動(dòng)植物基因組學(xué)研究的國(guó)際性盛會(huì)，成功匯聚了全球動(dòng)植物基因組學(xué)領(lǐng)域的專(zhuān)家學(xué)者，提供了一個(gè)交流最新科研成果和技術(shù)創(chuàng)新的絕佳平臺(tái)。
華大智造全新推出的農(nóng)業(yè)高通量Low-pass WGS全流程組合產(chǎn)品，旨在解決全球人口增長(zhǎng)、氣候變化和環(huán)境壓力下的農(nóng)業(yè)挑戰(zhàn)。通過(guò)降低測(cè)序成本和技術(shù)創(chuàng)新，為農(nóng)業(yè)領(lǐng)域提供從核酸提取到數(shù)據(jù)分析的全流程組合產(chǎn)品，縮短育種周期，提升育種效率，促進(jìn)農(nóng)民、育種者和研究人員培育性能優(yōu)越的品種，減少資源消耗，促進(jìn)農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。
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