11月21日，我國迄今水下考古發(fā)現(xiàn)體量最大的木質(zhì)沉船——“長江口二號”古船成功實施整體打撈，其保存完整、船載文物豐富，可以稱之為近代上海的“時空寶盒”。
在“長江口二號”古船出水之前，復(fù)旦大學(xué)副教授文少卿負責的生物考古團隊，已參與“長江口二號”古船考古工作數(shù)月，這是國內(nèi)首次將分子水平的生物基因研究技術(shù)應(yīng)用于水下考古領(lǐng)域。文教授團隊對船中出水瓷瓶中的稻殼進行碳十四測年和古植物DNA研究，其中就運用到了華大智造MGISEQ-2000高通量基因測序平臺。
小小的稻殼從哪里來？可以講述多少塵封百年的沉船秘密？這就不得不提到半年前的一批出水文物，其中包括一只底款為“同治年制”篆書的大型青花雙耳瓶。
文少卿副教授領(lǐng)銜的生物考古團隊在雙耳瓶對淤泥進行取樣時，發(fā)現(xiàn)瓶內(nèi)50只小瓷杯之間墊有用于防震的大量稻殼。與此同時，考古團隊也獲取到古船上其他的稻殼樣本。通過運用MGISEQ-2000高通量基因測序平臺等儀器設(shè)備對稻殼樣本進行檢測，考古人員不僅可以根據(jù)稻殼的DNA比對結(jié)果大致推測其產(chǎn)地，結(jié)合瓷器的窯口，推測長江口二號的上貨港口；并且可根據(jù)碳十四測年判斷稻殼的大致“年齡”，來大致推測長江口二號古船的年代。稻殼檢測結(jié)果與瓷器底款互相印證，進一步確定了長江口二號古船是在清同治年間運行的，已經(jīng)在水下塵封超過150年。
考古人員運用MGISEQ-2000高通量基因測序平臺對微生物樣本進行檢測一顆稻殼能夠以小見大反映古船的歷史，通過分子水平的生物基因研究技術(shù)的探索，瓶中的泥沙也是蘊藏著成千上萬種微生物的“小世界”?；谌A大智造MGISEQ-2000等儀器設(shè)備，考古團隊從瓶中的淤泥中提取出微生物的3900多條DNA信息，并和全球DNA數(shù)據(jù)庫里的微生物進行比對，成功總結(jié)出古船的沉積過程和長江口水環(huán)境的變遷。
10月3日，備受矚目的2022年諾貝爾生理學(xué)獎公布得獎人是瑞典遺傳學(xué)家Svante P??bo，這被稱為迄今為止距離基因組學(xué)及高通量基因測序最近的諾獎。P??bo建立了一個全新的科學(xué)學(xué)科古基因組學(xué)，完成了看似不可能的事情：采用高通量測序技術(shù)對當今人類已滅絕的近親——尼安德特人的基因組進行測序。高通量測序技術(shù)的出現(xiàn)促進了基因組學(xué)的快速發(fā)展，古基因組學(xué)也因此開始成為考古學(xué)、遺傳學(xué)研究中的大熱門。目前，基于不同策略開發(fā)的各種高通量測序平臺已在古DNA樣本分析中廣泛應(yīng)用。
2021年，復(fù)旦大學(xué)文少卿團隊聯(lián)合廈門大學(xué)王傳超團隊，首次評估使用華大智造MGISEQ-2000測序平臺進行古基因組學(xué)研究的潛力，并發(fā)表在Frontiers in genetics雜志上。該研究從測序數(shù)據(jù)質(zhì)量、文庫復(fù)雜度、基因組覆蓋均一性和種群遺傳分析四個維度出發(fā)，對MGISEQ-2000在古基因組學(xué)中的綜合性能進行評估，結(jié)果顯示MGISEQ-2000在內(nèi)源率和文庫復(fù)雜度方面表現(xiàn)優(yōu)異，在其他重要關(guān)鍵參數(shù)上媲美古基因組學(xué)研究中常用的高通量測序平臺，可作為大多數(shù)古基因組學(xué)研究的潛在選擇。
華大智造始終致力于成為“生命科技核心工具締造者”，華大智造高通量測序平臺等生命科技核心設(shè)備將持續(xù)賦能生物考古學(xué)、分子考古學(xué)等古基因組學(xué)研究領(lǐng)域，助力用戶和合作伙伴產(chǎn)出更多研究成果，為重現(xiàn)人類生動歷史、呈現(xiàn)群體精彩故事貢獻力量。
資料來源：央視新聞、新華每日電訊、新華視點、 澎湃新聞、測序中國等。
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