9月13日，華大智造宣布其DNBSEQ-G400（該產(chǎn)品在境內(nèi)銷售名稱為MGISEQ-2000）高通量基因測序平臺以及無分隔長片段stLFR(single tube long fragment reads)技術(shù)將支持非洲生物基因組項(xiàng)目(African BioGenome Project) 開展首個植物物種的測序工作，促進(jìn)非洲大陸生物多樣性保護(hù)和經(jīng)濟(jì)社會及科學(xué)進(jìn)步。
據(jù)了解，非洲生物基因組項(xiàng)目于2021年正式啟動，隸屬于地球生物基因組計(jì)劃(EBP)，也是萬種植物基因組計(jì)劃(10KP)的合作項(xiàng)目。該項(xiàng)目計(jì)劃對當(dāng)?shù)?05,000個特有物種，包括植物、動物、真菌、原生生物和其他真核生物等基因組進(jìn)行測序，由109名非洲科學(xué)家(其中87人在非洲工作)和22個非洲組織共同開展。
作為非洲生物基因組項(xiàng)目的設(shè)備供應(yīng)商，華大智造為來自基因組學(xué)、生物信息學(xué)、生物多樣性和農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的非洲研究人員和決策者構(gòu)建非洲特有物種的參考基因組提供前沿的測序技術(shù)平臺，助力動植物育種者創(chuàng)建有韌性、可持續(xù)的糧食系統(tǒng)。同時這項(xiàng)工作將為改善非洲公共衛(wèi)生，加強(qiáng)農(nóng)業(yè)水平，保護(hù)生物多樣性提供可靠的信息支撐。
SAMRC基因組學(xué)平臺主任Craig Kinnear教授（中）及團(tuán)隊(duì)科學(xué)家
南非醫(yī)學(xué)研究理事會 (SAMRC) 基因組學(xué)平臺主任Craig Kinnear教授說: “近年來，伴隨著先進(jìn)技術(shù)的日益涌現(xiàn)，植物基因組學(xué)在保護(hù)植物物種多樣性方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。感謝華大智造創(chuàng)新工具和南非醫(yī)學(xué)研究理事會的支持，讓我們能夠立足非洲，造福非洲，向著組建非洲動植物參考基因組庫的目標(biāo)更近了一步?！?/span>
華大智造歐非區(qū)負(fù)責(zé)人侯勇博士表示:“我們很自豪地看到南非醫(yī)學(xué)研究理事會(SAMRC)的團(tuán)隊(duì)利用華大智造的核心技術(shù)對非洲生物基因組項(xiàng)目的首批植物物種進(jìn)行測序。這是我們高效創(chuàng)新的stLFR技術(shù)在非洲的首次應(yīng)用，我們期待著此技術(shù)讓當(dāng)?shù)馗嗟目茖W(xué)家和研究人員受益，推進(jìn)基因組學(xué)研究?！?/span>
值得一提的是，9月12日Nature Biotechnology發(fā)文報(bào)道了非洲生物基因組項(xiàng)目開放研究院（African BioGenome Project (AfricaBP) Open Institute for Genomics and Bioinformatics）的成功實(shí)施。這一開創(chuàng)性的基因組和生物信息學(xué)知識交流平臺由非洲生物基因組項(xiàng)目與非洲當(dāng)?shù)貦C(jī)構(gòu)共同策劃，旨在為全非洲建立可公開訪問的線上研討會平臺，通過開展生物多樣性基因組學(xué)和生物信息學(xué)課程，增進(jìn)非洲科學(xué)家間的學(xué)術(shù)交流。
非洲生物基因組項(xiàng)目創(chuàng)始人、聯(lián)合主席、英國劍橋大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院生物信息學(xué)家ThankGod Echezona Ebenezer博士表示：“自非洲大陸自由貿(mào)易協(xié)定(AfCTA)生效后，及時建立非洲基因組學(xué)和生物信息學(xué)開放研究所具有重要意義。有了這樣一個信息共享交流平臺，非洲國家級科學(xué)機(jī)構(gòu)、本土和國際合作伙伴及各組織都可以通過對此平臺的支持，來為建立聯(lián)合的基因組和生物信息學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施，推動非洲生物經(jīng)濟(jì)的可持續(xù)發(fā)展做出貢獻(xiàn)?！?/span>
非洲各地科學(xué)家自主申請并參加Open Institute 南非研討會合影留念
8月21日至25日，Open Institute在非洲南部舉辦了為期5天的研討會，華大智造作為主要贊助商之一，在南非比勒陀利亞農(nóng)業(yè)研究理事會(ARC)的生物技術(shù)平臺上向科學(xué)家們展示了如何利用最新的stLFR和DNBSEQ技術(shù)構(gòu)建高質(zhì)量的參考基因組。10月9日至10日，華大智造還將在摩洛哥舉辦的北非研討會上進(jìn)行展示。
參加Open Institute 南非研討會的科學(xué)家們
華大智造自主研發(fā)的stLFR（無分隔長片段）技術(shù)基于獨(dú)有的DNA分子共標(biāo)簽技術(shù)，通過將來源于同一DNA長片段的短讀測序片段標(biāo)記上相同分子標(biāo)簽，可基于高精度短讀測序獲取橫跨 300kb 基因組區(qū)域的信息。結(jié)合華大智造核心DNBSEQ測序技術(shù)，stLFR技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)高質(zhì)量變異檢測，二倍體基因組定相，結(jié)構(gòu)變異解析和基因組從頭組裝等應(yīng)用。
stLFR 技術(shù)適用于多種應(yīng)用方向，包括遺傳疾病和癌癥研究，孕前或產(chǎn)前基因檢測，農(nóng)業(yè)育種研究和宏基因組分析等。在動植物基因組研究方面，stLFR 可實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量的全基因組組裝，僅需少量的起始 DNA 樣本 (<10ng) 便可達(dá)到scaffold N50 > 106bp 水平。目前基于華大智造stLFR 技術(shù)累計(jì)發(fā)表的高質(zhì)量文章超過50篇，文章發(fā)表于包括 Nucleic Acids Research, Nature ecology & evolution, Genome Research等頂級期刊。
未來，華大智造將持續(xù)打造創(chuàng)新的生命數(shù)字化產(chǎn)品，加速基因組測序進(jìn)程，加強(qiáng)推進(jìn)多樣性物種研究和保護(hù)的承諾。
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