近日，針對用戶持續(xù)關(guān)注的高通量甲基化測序，華大智造正式完成對DNBSEQ-T7（以下簡稱“T7”）高通量基因測序儀的性能優(yōu)化和算法升級，實現(xiàn)了對甲基化文庫的高質(zhì)量測序，并拓展了T7對表觀組學(xué)的應(yīng)用適配。此次升級后，T7不僅能實現(xiàn)“100%純甲基化文庫”的高質(zhì)量測序，也能夠滿足 “甲基化文庫”和其他組學(xué)堿基平衡文庫混合測序的場景需求。
升級后的新版軟件ECR5.0和DNBSEQ-T7專用的甲基化高通量測序試劑套裝（T7 Methylation FCL PE150）同步上線，并于即日起開放軟件升級服務(wù)和甲基化測序試劑套裝采購，訂購指南見文末。
DNBSEQ-T7甲基化高通量測序試劑套裝
同時，新一代建庫產(chǎn)品MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒V3.0（以下簡稱“WGMS V3.0”）也已完成與DNBSEQ-T7的適配，結(jié)合DNBSEQ-T7平臺的升級算法，搭配DNBSEQ-T7RS 甲基化高通量測序試劑套裝，測序時可以大幅降低平衡文庫的混合比例，甚至可以不添加平衡文庫，實現(xiàn)“100%純甲基化文庫”高質(zhì)量測序。
純甲基化文庫測序?qū)崪y數(shù)據(jù)
用戶坐標：天津
樣本類型：人、豬、植物
建庫試劑：第三方
測序方案：100%甲基化文庫
“整體來看甲基化文庫的測試結(jié)果還不錯，后續(xù)還會增加其他不同樣本類型測序。”
圖1 DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
用戶坐標：武漢
樣本類型：多樣本混測（人、昆蟲、水果、植物、魚類等）
建庫試劑：第三方
“WGBS文庫產(chǎn)出均超預(yù)期且生信結(jié)果較好，無M-bias；基因組比對，DNBSEQ-T7平臺的比對率高于MGISEQ-2000平臺；dup率和轉(zhuǎn)化比例相當(dāng)?！?/span>
表1 DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
用戶坐標：上海
樣本類型：人腫瘤樣本
建庫試劑：第三方
“分析了不同測序平臺的甲基化文庫的測序結(jié)果，T7的測序質(zhì)量與同級別其他平臺產(chǎn)品相當(dāng)?！?/span>
表2 DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
用戶坐標：哈爾濱
樣本類型：NA12878人標準品
建庫試劑：MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒 V3.0
“高GC覆蓋度較好，M-bias指標符合預(yù)期?！?/span>
表3 DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
用戶坐標：上海
樣本類型：人標準品
建庫試劑：MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒 V3.0
“純甲基化文庫測序reads產(chǎn)出高，測序質(zhì)量高。”
表4 DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
圖2. Read1和Read2的測序堿基分布
坐標：深圳
樣本類型：NA12878人標準品
建庫試劑：MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒 V3.0
1. 可實現(xiàn)“100%純甲基化文庫”高質(zhì)量測序
采用MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒V3.0構(gòu)建NA12878標準品的DNA甲基化文庫，每12個甲基化文庫的DNB等量pooling后，不添加平衡文庫，在DNBSEQ-T7平臺進行測序。每張芯片均可獲得高reads產(chǎn)出，且測序質(zhì)量良好（表5、圖3），實現(xiàn)DNBSEQ-T7平臺的100%純甲基化文庫高質(zhì)量測序。對每張芯片上12個樣本進行數(shù)據(jù)拆分，每個樣本的 raw base ≥100Gb，Q30%在92%以上（圖4）。
表5 WGMS V3.0適配DNBSEQ-T7平臺測序數(shù)據(jù)
圖3. Read1和Read2的測序堿基分布
圖4. 各樣本的數(shù)據(jù)拆分情況
2. 數(shù)據(jù)利用率高，基因組覆蓋度高，M-bias低
挑選不同批次樣本、不同建庫試劑批次、不同建庫起始量下的9個樣本文庫，每個樣本截取100Gb raw data，采用MGI的全基因組甲基化軟件 MethyScope Software進行生信分析，不同建庫起始量下文庫的DNBSEQ-T7測序數(shù)據(jù)clean rate≥99%，Uniquely Mapped Rate(%)≥90%，Duplication Rate(%)≤5%，平均測序深度均≥30x，全基因組10×coverage可達≥96%，數(shù)據(jù)利用率高。質(zhì)控文庫Lambda DNA非甲基化C轉(zhuǎn)U的轉(zhuǎn)化率≥99%。不同批次建庫試劑、不同建庫起始量下，各文庫的M-bias表現(xiàn)一致（圖5）。
表6 WGMS V3.0適配DNBSEQ-T7平臺測序數(shù)據(jù)分析結(jié)果
圖5. M-bias圖
3. 甲基化檢測一致性高
隨機挑選3個NA12878甲基化文庫，分析各文庫在4×測序深度下檢測到的獨有和共有的CpG位點，結(jié)果顯示，3個文庫的甲基化文庫的CpG位點覆蓋一致性>94%（圖6），不同文庫間的甲基化率一致性可高達94%（圖7）。
4. 甲基化檢測表現(xiàn)更優(yōu)
分析在4個不同有效測序深度水平下與935K芯片的甲基化檢測一致性，結(jié)果顯示，與其他建庫測序方法相比，MGI WGMS V3.0 搭配DNBSEQ-T7測序的甲基化建庫測序方法與935K芯片的甲基化檢測一致性表現(xiàn)更優(yōu)，不同有效測序深度下，檢測到的位點占比更多，甲基化水平相關(guān)性更高（表7，圖8）。
表7 甲基化檢測一致性表現(xiàn)
*注：1）DNBSEQ-T7方案：采用MGI WGMS V3.0 建庫，文庫在DNBSEQ-T7 PE150 測序。2）Company N 方案：采用單鏈DNA建庫，文庫在 N平臺 PE150 測序。
圖8 在≥20x深度下，與935K芯片的甲基化檢測一致性比較
甲基化文庫與多組學(xué)文庫混測的實測數(shù)據(jù)
坐標：深圳
樣本類型：甲基化文庫與WGS PCR-free、RNA文庫混測
建庫試劑：MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒 V3.0MGIEasy Fast PCR-FREE酶切文庫制備試劑套裝 V2.0MGIEasy Fast RNA文庫制備試劑套裝
1. reads產(chǎn)量高，各文庫類型的堿基分布符合預(yù)期，測序質(zhì)量高
將3個WGMS V3.0文庫、8個WGS PCR-free文庫和8個RNA文庫進行DNB混合后，在DNBSEQ-T7平臺測序，下機reads產(chǎn)量可達6300M以上，且測序質(zhì)量良好，Q30可達到96%（表8），不同文庫類型的拆分數(shù)據(jù)的實際占比與理論占比接近（表9），且各文庫類型的堿基分布正常，測序質(zhì)量高（圖9）
表8 WGMS V3.0甲基化文庫與WGS PCR-free、RNA文庫混測的測序數(shù)據(jù)
表9 各文庫類型的拆分數(shù)據(jù)
圖9. 各文庫類型的Read1和Read2測序堿基分布、堿基質(zhì)量
2. 混測中的各類型文庫的生信分析均表現(xiàn)良好
混合測序中的各個文庫的數(shù)據(jù)產(chǎn)出均符合預(yù)期，3個WGMS V3.0甲基化文庫的生信分析結(jié)果表現(xiàn)好（表10），無M-bias（圖10），同時，WGS PCR-free文庫和RNA文庫生信分析結(jié)果也表現(xiàn)良好，無異常，各項分析結(jié)果均滿足指標要求。
表10. 3個WGMS V3.0甲基化文庫的生信分析結(jié)果
圖10. M-bias圖
用戶坐標：北京
樣本類型：人DNA/RNA甲基化文庫與WGS、scRNA、microRNA文庫混測
建庫試劑：第三方
“純測數(shù)據(jù)質(zhì)量表現(xiàn)良好，堿基分布和測序質(zhì)量符合表現(xiàn)較好，與競品平臺對比，假陽檢出率一直，其他指標MGI平臺甚至表現(xiàn)更好?！?/span>
表11. DNBSEQ-T7RS測序結(jié)果
訂購指南
2024年，華大智造高通量旗艦機DNBSEQ-T7連續(xù)被凌恩生物、歐易生物、美吉生物等生態(tài)伙伴引進，彰顯“超級生命計算機”的硬核產(chǎn)品力；百邁客、歐易生物、愛基百客等業(yè)界領(lǐng)先企業(yè)則再次引入了DNBSEQ-T7，這不僅證明了DNBSEQ-T7平臺的高效、高質(zhì)和高性價比，也反映了市場對華大智造技術(shù)與產(chǎn)品的高度認可和信賴。更為重要的是，與生態(tài)伙伴的攜手合作，進一步推動了高通量測序技術(shù)在科研和臨床實踐中的應(yīng)用，加速了生命科學(xué)領(lǐng)域的創(chuàng)新和發(fā)展。
作為生命科技核心工具的提供方，華大智造不僅能自主研發(fā)并量產(chǎn)從Gb級至Tb級不同通量的臨床級基因測序儀，更是全球唯一一家同時擁有“激發(fā)光”、“自發(fā)光”和“不發(fā)光”三種基因測序技術(shù)及產(chǎn)品的機構(gòu)。未來，圍繞生命的“讀、寫、存”，以“SEQ ALL”（全讀長）為目標，華大智造仍將攜手全球生態(tài)伙伴，聚焦下游應(yīng)用需求，持續(xù)推出與迭代更靈活、更多元、更完整的生命解碼工具，推動生命科技真正飛入千家萬戶。
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